Im nordfriesischen Wattenmeer können weiterhin Saatmuscheln mit speziellen Fanggeräten (Saatmuschelgewinnungsanlagen) gewonnen werden. Das Ministerium für Landwirtschaft, Umwelt und ländliche Räume hat jetzt eine Erlaubnis um fünf Jahre verlängert, die Ende 2011 zunächst ausgelaufen war. Bestimmungen zum Schutz der Natur sind Bestandteil der Erlaubnis. Auf etwa 60 Hektar sollen vor Hörnum mit Hilfe von Tauen und Netzen im Wasser Miesmuschellarven eingefangen werden, die sich dort anhaften und zu Saatmuscheln heranwachsen. Sie werden jeweils im Herbst abgeerntet, auf Muschelkulturflächen ausgebracht und dort binnen zwei Jahren zu konsumfähigen Miesmuscheln weitergezüchtet. Insgesamt ist die Muschelzucht im schleswig-holsteinischen Wattenmeer auf maximal 2.000 Hektar zulässig, also auf 0,5 % der Gesamtfläche. Im Jahr 2011 wurden von den bis zu acht schleswig-holsteinischen Fahrzeugen rund 12.000 Tonnen Miesmuscheln im Wert von knapp 18 Millionen Euro angelandet.
Das Ministerium erwartet, dass durch die Saatmuschelgewinnungsanlagen die Muschelzucht im schleswig-holsteinischen Wattenmeer zukünftig unabhängiger vom natürlichen Jungmuschelaufkommen sowie von Besatzmuschelimporten betrieben werden kann. Vergleichbare Anlagen laufen in Niedersachsen und den Niederlanden bereits seit mehreren Jahren erfolgreich. Im schleswig-holsteinischen Watt werden seit 2003 in kleinerem Maßstab Versuche mit Saatmuschelgewinnungsanlagen durchgeführt. Führt die Saatmuschelgewinnung auch hier zu wirtschaftlichem Erfolg, kann eine die Natur schonende und nachhaltige Muschelzucht im Wattenmeer langfristig Bestand haben.
Sowohl das alte Muschelprogramm aus dem Jahre 2000 als auch das neue Muschelprogramm von Ende 2011 sieht diese Bewirtschaftungsform ausdrücklich vor. Sie ist wichtig, weil das Aufkommen an Jungmuscheln in den letzten Jahren deutlich zurückgegangen ist und der aufgetretene Mangel zu existenzieller Bedrohung des Wirtschaftszweiges führte. Als eine mögliche Ursache gelten die hohen Krebs- und Garnelenbestände im Watt, denen die jungen Muscheln als Nahrung dienen, bevor sie eine für die Kulturwirtschaft nutzbare Größe erreicht haben. Die Zukunft des in den letzten Jahren praktizierten Besatzmuschelimports vor allem aus den Gewässern um die Britischen Inseln ist seit der jüngsten Entscheidung des Oberverwaltungsgerichts Schleswig fraglich.
Eine FFH-Vorprüfung kam zu dem Ergebnis, dass durch die Saatmuschelgewinnungsanlagen keine gravierende Beeinträchtigung des Nationalparks zu befürchten ist.
